1999年，某個東西被卡車運出了館山花宵道中電影完整版。幾天后，哥斯拉登陸了館山，特生自衛隊出動與之展開了苦戰。在戰斗中，自衛隊員家城茜（釈由美子 飾）意外害死了戰友葉山二尉（森末慎二 飾），自己卻僥幸活了下來，并被派去了資料科。　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 飾）的指揮下，召集了湯原德光（宅麻伸 飾）等科學家開始研究對付哥斯拉的G兵器。他們以在館山沖挖掘出來的初代哥斯拉骨骼為基...